(資料圖片僅供參考)

復旦大學類腦智能科學與技術(shù)研究院趙興明教授在Microbiome期刊發(fā)表了題為：Enterotypes of the human gut mycobiome的研究論文。

研究團隊收集了來自歐洲、北美洲以及亞洲的16個隊列的3363個腸道真菌樣本，其中包括自測的中國人572個樣本（圖1）。研究團隊對這些隊列的腸道真菌組成進行了系統(tǒng)地探究，并確定了四種在不同隊列及人群中均穩(wěn)定存在的四類真菌腸型（圖2）。研究人員評估了這四類腸型結(jié)構(gòu)的特性，發(fā)現(xiàn)這些真菌腸型在多樣性、物種和功能組成上均存在顯著差異。

研究團隊發(fā)現(xiàn)宿主的表型，包括年齡和疾病，都與特定的真菌腸型有明顯的聯(lián)系。例如，以念珠菌為主的Can_type腸型在老年人中更為常見，并且該腸型也在多種疾病人群中呈現(xiàn)出較高的流行率，此外，該腸型也與腸道屏障受損相關(guān)。與此相反的是，酵母菌為主的Sacc_type腸型則在年輕人中更為普遍，且與較低的疾病風險相關(guān)。研究還指出，一種在Can_type腸型中富集的真菌相關(guān)的有氧呼吸通路介導了衰老與腸道屏障受損之間的關(guān)聯(lián)。

總的來說，該研究揭示了腸道真菌組成高度結(jié)構(gòu)化的性質(zhì)，并發(fā)現(xiàn)其與宿主表型之間的緊密相關(guān)性。

復旦大學類腦智能科學與技術(shù)研究院博士生賴森瑩為論文的第一作者，復旦大學類腦智能科學與技術(shù)研究院趙興明教授、人類表型組研究院鄭琰研究員，以及華中科技大學的陳衛(wèi)華教授為論文通訊作者。

復旦大學類腦智能科學與技術(shù)研究院趙興明教授團隊近年來在微生物領(lǐng)域圍繞宏基因組組裝、物種識別到下游垂直應(yīng)用開展了一系列系統(tǒng)性的工作。研究成果包括宏基因組組裝錯誤識別算法metaMIC（Genome Biology，2022）、宏基因組分箱算法SemiBin（Nature Communications，2022）、SemiBin2（Bioinformatics，2023）、揭示了人類四種真菌“腸型”結(jié)構(gòu)（Microbiome，2023）。此外，團隊還建立了一系列微生物資源數(shù)據(jù)庫，包括GMrepo（Nucleic Acids Research，2020）、GMrepo v2（Nucleic Acids Research，2022）、GMGC（Nature，2021）、mMGE（Nucleic Acids Research，2021）、mBodyMap（Nucleic Acids Research，2022）等。

趙興明，特聘教授、博士生導師，計算神經(jīng)科學與類腦智能教育部重點實驗室副主任、張江國際腦庫執(zhí)行主任、國家杰出青年科學基金獲得者、上海市青年科技啟明星和上海市浦江人才計劃入選者，IEEE Senior Member、IEEE SMC TC on Systems Biology Co-Chair、IEEE SMC Shanghai Chapter Chair、ACM SIGBio China Vice Chair、中國人工智能學會人工生命與生物信息學專委會副主任、中國計算機學會生物信息學專委會常務(wù)委員、上海市計算機學會生物信息學專委會主任等。承擔了國家重點研發(fā)計劃、國家自然科學基金重大研究計劃和重點項目在內(nèi)的多項科研課題。在 Nature、Cell Metabolism、IEEE TPAMI、Nature Communications、Genome Medicine、Genome Biology 等國際著名期刊發(fā)表SCI論文140余篇， 曾獲吳文俊人工智能自然科學一等獎和教育部自然科學二等獎。